Le virus évolue sans cesse pour échapper à nos anticorps, mais une petite partie de la protéine Spike ne mute presque pas, révélant un point d’attaque potentiel pour les anticorps.
« La zone de tir a à peine deux mètres de diamètre… Un coup au but déclenchera une réaction en chaîne qui fera sauter l’Étoile noire », disait l’officier rebelle Jan Dodonna en expliquant à ses troupes comment atteindre le point faible de la terrifiante station de combat du premier volet de Star Wars. Une zone minuscule par rapport à la taille gigantesque de la fameuse « Etoile noire ». Tout comme le point faible que des chercheurs viennent de trouver dans le coronavirus responsable du Covid-19. Sauf qu’ici la zone de tir fait moins d’un nanomètre ! Mais, selon un article publié le 18 août 2022 dans Nature Communications, elle pourrait nous permettre de neutraliser n’importe quel variant du coronavirus, peu importe le nombre de mutations avec lequel il essayerait de se cacher.
Un point faible qui mute très peu
Cette faille du coronavirus est dans la protéine Spike, dans le domaine qui s’accroche au récepteur ACE2 des cellules humaines (nommé RBD) et qui lui permet de nous infecter. Cette zone est composée d’à peine une douzaine d’acides aminés (alors que la protéine Spike a un total de 1.273 acides aminés). Précisément les quelques acides aminés qui se retrouvent en contact direct avec ACE2. Les chercheurs de l’Université de Colombie-Britannique (Canada) ont décrit cette région, montrant qu’elle mute très peu, probablement parce que tout changement majeur diminuerait l’affinité avec le récepteur ACE2. Donc cette zone n’accepte que des petites modifications qui ne changent pas la structure de la zone, pour que le récepteur soit toujours aussi bien reconnu et accroché.
À cause de cette contrainte, cette zone est restée presque inchangée dans tous les variants du coronavirus ayant émergé depuis le début de la pandémie. Uniquement deux substitutions fréquentes y sont recensées : L452R (retrouvée dans le variant Delta et les sous-variants d’Omicron BA.4 et BA.5) et Q493R (présente dans certains sous-variants d’Omicron). « L’épitope (partie d’une molécule capable de stimuler la production d’un anticorps, ndlr) que nous décrivons dans cet article est éloigné de la majorité des « hot spots » mutationnels du virus, c’est pourquoi ces caractéristiques sont conservées dans tous les variants, résume Sriram Subramaniam, chercheur à l’Université de Colombie-Britannique et auteur de l’étude, dans un communiqué. La description de cette structure en détail nous ouvre tout un champ de traitements possibles. »
Un anticorps parvient à bloquer ce site
Et les chercheurs ne se contentent pas de nous décrire ce point faible du coronavirus, ils nous révèlent aussi l’arme qu’on pourrait utiliser pour l’atteindre ! Un bout d’anticorps qui parvient à s’y accrocher et empêche ainsi au virus de reconnaitre le récepteur ACE2. Il s’agit d’un domaine VH, la zone variable de la chaine lourde (« heavy » en anglais, d’où le H) d’un anticorps. Cette VH, nommée Ab6, a été conçue artificiellement par des chercheurs de l’Université de Pittsburgh (États-Unis) en juin 2020. Elle a la particularité de reconnaitre cette région de la Spike et d’y accéder avec un angle précis (presque perpendiculaire par rapport au domaine RBD de Spike) pour s’y coller au mieux et ainsi chasser le récepteur ACE2.
Ce bout d’anticorps parvient ainsi à reconnaitre tous les variants majeurs du coronavirus, Delta et Omicron compris, même si sa capacité de neutralisation est toutefois diminuée face à ces variants à cause des mutations L452R et Q493R. « Nous savons maintenant toutes les interactions que la protéine Spike a avec cet anticorps dans ce site. Avec cette information nous pouvons concevoir toute une flopée d’anticorps résistants aux variants, ce qui changerait entièrement notre lutte contre le Covid-19 », poursuit Sriram Subramaniam. Il reste à vérifier si ce bout d’anticorps garde son efficacité in vivo et s’il pourra ainsi nous apporter notre Luke Skywalker contre le coronavirus.
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