Comment est apparu le variant Omicron et ses 45 mutations acquises depuis sa divergence avec la lignée B.1.1. ? Plusieurs théories circulent sur le sujet, dont celle d’une origine murine. Pour certains chercheurs, la souris est un réservoir potentiel du SARS-CoV-2.
Les mutations d’Omicron seraient adaptées à la souris
Une étude récente, publiée dans la revue PNAS par des chercheurs de l’université du Minnesota, considère la souris comme possible réservoir d’Omicron. « Notre étude démontre que les mutations d’Omicron dans la région de liaison au récepteur sont structurellement adaptées à l’ACE2 de la souris, ce qui permet de mieux comprendre l’origine de ce variant et l’évolution du SARS-CoV-2 », écrivent les auteurs.
Une étude publiée en novembre 2021 dans le Journal of Genetics and Genomics explore cette même piste. Menée par des chercheurs de l’Académie chinoise des sciences de Pékin, l’étude suggère que l’ancêtre d’Omicron aurait pu être transmis de l’humain à la souris (probablement mi-2020), puis aurait accumulé des mutations chez une souris hôte pendant plus d’un an, avant de revenir chez l’humain fin 2021…
« Tout en évoluant chez la souris, le progéniteur d’Omicron s’est adapté à la souris hôte en acquérant des mutations d’acides aminés dans la protéine de pointe qui ont augmenté son affinité de liaison avec l’ACE2 de souris. De plus, des mutations associées à l’évasion immunitaire se sont également accumulées », écrivent les chercheurs, lesquels montrent une trajectoire évolutive inter-espèces pour l’épidémie d’Omicron.
Enfin, un article en pré-impression (non encore revu par les pairs) appuie l’hypothèse d’un réservoir de rongeurs. Il rapporte la transmission d’Omicron d’un individu symptomatique de la maladie à deux rats domestiques, dont l’un a développé des symptômes sévères. Le rapport montre que les rongeurs domestiques, et probablement sauvages, pourraient contribuer à la propagation et à l’évolution du SARS-CoV-2.
