On sait désormais que le microbiote, notamment celui dans notre système digestif, joue un rôle essentiel dans notre protection immunitaire. Mais qu’en est-il du microbiote du nez et des voies respiratoires ? Pourrait-il jouer un rôle dans la sévérité de l’infection au coronavirus ? C’est la question que se sont posés des chercheurs de l’Université de Colombie-Britannique au Canada, dans une étude publiée en preprint (pas encore revue par les pairs) le 13 juin 2022. Réponse : il y a bien des différences au niveau du microbiote du nez et du pharynx chez les patients atteints du Covid en fonction de leur sévérité, qui pourraient être importantes dans le développement de la maladie.
Pour étudier les bactéries qui résident dans notre nez, les chercheurs ont profité des échantillons nasopharyngés collectés chez 194 personnes pour leurs tests PCR du Covid, réalisés à l’Hôpital général de Vancouver, dans la Colombie-Britannique, entre mars 2020 et janvier 2022. Parmi ces 194 individus, 51 n’étaient pas infectés, 47 avaient une infection ne nécessitant pas d’hospitalisation, 48 étaient hospitalisés pour une autre raison que le Covid (avec test négatif) et 48 étaient hospitalisés pour Covid.
Les chercheurs ont séquencé tous les ARN ribosomaux 16 S, spécifiques des bactéries, retrouvées dans ces échantillons. Ainsi, ils ont mis en évidence que les populations bactériennes différaient selon s’il y avait eu ou pas d’infection au coronavirus, et entre les infections légères et les infections graves. Chez les non-infectés (hospitalisés ou pas), le genre le plus abondant était les Staphylocoques, ce qui est en accord avec des études précédentes montrant que ce genre domine en général le microbiote du nez. Alors que chez les infectés légers, c’étaient les bactéries du genre Moraxella et chez les cas graves, c’étaient les Acinetobacter. Les cas graves de Covid différaient de tous les autres aussi dans la proportion de la famille Enterobacteriacae, plus abondants que dans les autres groupes.
Davantage de pathogènes opportunistes chez les infectés
Les personnes infectées présentaient aussi davantage de pathogènes opportunistes, tels que l’Haemophilus influenzae, le Staphilococcus haemolyticus et le Staphylococcus aureus. Mais là aussi il y avait une différence entre les cas légers et le cas graves, car chez ces derniers le pathogène opportuniste le plus abondant était le Klebsiella aerogenes. En revanche, il n’y avait pas de différence en fonction du variant du coronavirus chez la personne infectée.
